スローにした画像が書き出すと一部カクカクします。

パネル上（プログラムパネルでしょうか）ではスムーズに動いているという点が気になるので、大きく問題の原因を切り分けるため、まずは書き出し設定の画面にある「エンコード設定」の「パフォーマンス」を「ソフトウェアエンコーディング」に変更してお試しいただくといかがでしょうか。もしこれで解決する場合には、速度は関係なくエンコーダーの問題という可能性が出てきます（おそらくその可能性は低いと思います）。

次に、「パネル上ではスムーズに動く」と矛盾してしまうのですが、フレームサンプリングでスローにすることによるカクカク感（正常な動作です）が原因ということが考えられます。

再生環境の関係で、書き出したファイルでより強く感じやすいといった可能性もあると思います。

速度を落とす際に大事なポイントは、素材のフレームレートとシーケンスのフレームレートと書出しのフレームレートの関係です。

仮にすべて同じ（29.97fpsなど）だとしますと、スローにすると素材のフレームが足りない状態になりますので、何らかの方法で補完されます。例えば、速度50％であれば1枚のフレームを2フレーム分表示、25％であれば1枚のフレームを4フレーム表示といった具合になるので、動きはカクカクします（補完方法がフレームサンプリングの場合）。

素材が59.94fpsでシーケンスと書き出し設定が29.97fpsの場合には、必要なフレーム数の倍のフレーム数あるので、速度50％にしても速度100％とそん色のない滑らかさが得られます。

（75％など、整数倍にならない速度の場合はジャダーが発生します。）

と、いったことを考慮に入れつつ、書き出したファイルをPremiere Proに読み込んで右カーソルキーでコマ送りしていただき、同じフレームの繰り返しの数を数えることで正しいスローになっているか確認することができると思います。

フレームの補完方法は3種類ありますので、速度変更によるカクカク感が気になる場合にはフレームブレンドやオプティカルフローをお試しいただいて（効果を確認するためには、レンダリングが必要です）、良い結果が得られるものを選択していただくと良いのではないかと思います。

オプティカルフローが一番滑らかになるのですが、足りないフレームの画像を前後のフレームから推測して作り出す関係で、走る人物の足が心霊写真のように歪むといったような気持ち悪い副作用も出がちなので、映像に合わせて選択する必要があります。