「Video DownloadHelper」はアップデートにより不都合起こしたりしているので、Premirer Proと相性の良いHandbreakというソフトで同じ形式でもいいので変換してから使用してみてください。

自分もVideo DownloadHelperは使用していますが、時折挙動がおかしいことがあります、あと何度やっても正常に動画が作成されなかったりとかもあったのでPremirer Proで使用したければ変換すると決めておいたほうがいいですー。

細かなことにはなりますが動画とソフトでは相性がどうしてもつきまといます。
Premirer Proではソフトの検証の際には一般的なカメラなどで動作検証を行っていますが、多数あるキャプチャーソフトや、Plug-inなどはおそらく未検証だと思います。

なので、プレイヤーで再生できたとしても、それはプレイヤーとの相性が良かったとなり、Premirer Proではどうかはわからないとなってしまうので面倒なところですが、ご記憶いただくとストレスが少なくなるかと！！

「なぜ突然この症状が出たのか」ということや「その理由」は、お書きいただいた情報からは第三者には判断がつきにくいところなので、お手元の環境である程度原因の切り分けが必要になってくるかと思います。

大まかには、素材に起因する問題か否か、環境設定周りに起因する問題か否か、環境の変更（OSやアプリのアップデート、ハードウェアの追加・変更など）に関する問題か否かといった事柄を切り分けてゆく流れです。

お使いいただいている素材が少々特殊なフレームレートで、かつ取得元もファイルの信頼性（コーデックや圧縮のパラメーターの面で）が判断しにくいので、例えばスマートフォンやビデオカメラで撮影された素材がありましたら、そちらでも同様の症状が出るかご確認いただくといかがでしょうか。

また、症状的には「オーディオハードウェアの設定の組み合わせの問題」でも発生するものなので、「環境設定」の「オーディオハードウェア」の設定で、デフォルト入力を「入力なし」にしていただき、可能であればデフォルト出力をパソコン標準搭載のデバイス（内蔵スピーカーなど）に変更してからお試しいただくことで回避できるか、ご確認いただくといかがでしょうか。