他のひとからの共有いただいたモーショングラフィックテンプレートの変更をしようとするとキーフレームがあわない

このように、キーフレームが映像のフレームとぴったり一致しなくなることは原理的にあり得ることでして、この場合は再生ヘッドの１コマずつの移動ではなく、「次のキーフレームに移動」もしくは「前のキーフレームに移動」で目的のキーフレームに移動します。

ちなみに私個人的には、複雑なものでなければキーフレーム自体をフレームピッタリに動かしてしまうことも多いです。