同じプロジェクトがあるんですけど消したら両方とも消えちゃいますか?

二つあるプロジェクトのうち、片方を消すことでもう片方も勝手に消えてしまうことは無いのですが、お書きいただいた内容からは正確な状況が分かりませんため、「絶対に大丈夫」とは言い切れない面もあります。

ファイルの保存場所には個人情報（ユーザー名など）が含まれるかもしれないのですべて正確にお書きいただいたりスクリーンショットをお見せいただくのは難しいかもしれないのですが、まずは「本当に片方は消してしまっても大丈夫なのか」、精査していただいた方が良いかもしれません。

（過去に、同じプロジェクトが複数あるので余計なものを消したつもりが、最新のものを消してしまって編集初期のデータしか残っていなかったといった事例もございました。）

理想的には、消したい方のプロジェクトを消す前に、念のためUSBメモリなどにコピーをしておいて、万が一の際には元に戻せるようにした方が安心だとは思います。