60fpsのMP4動画をインポートすると48fpsになってしまう

改善されるかどうか未知数なのですが、「環境設定」の「メディア」にある「高速処理のH.264デコードを有効にする」にチェックが入ってましたら、それを外して再起動してからご確認いただくといかがでしょうか。

元々が一般的なビデオカメラ（スマホなどVFRで収録されるものではなく、29.97fpsや59.94fps、23.98fpsで収録されるもの）で撮影されたものということですと、60fpsとなっている時点で編集加工後の書き出し形式に問題がある可能性も考えられます。

もし気軽にファイル支給元に問い合わせなどできる状況でしたら、先方にPremiere Pro CC 2018でうまく再生できない旨を伝えて書き出しをし直していただくのが最善かと思います。

様々な事情でそれが難しいようでしたら、タイムライン上の該当クリップをダブルクリックしてソースウィンドウで開き、「エフェクトコントロール」タブの「マスター」に「MPEGソース設定 可変フレームレートモード」という項目ができていたらそれを変えてみて改善されるか確認する方法もあります（うまくゆかない可能性も十分にあります）。

それでもダメでしたら、HandBrakeなど他のソフトを使用してCFRへファイル変換することでうまく読み込めるようになる可能性もあります。「VFR HandBrake Premiere」といったキーワードでウェブ検索すると、情報が出てくるかと思います。