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マーカーを使ったらどうでしょう。
After Effects のレイヤーマーカーとコンポジションマーカー
音を聞きながらコンポジションにマーカーを追加することができます。
ウェーブフォームを参考に位置を調整してから、マーカーの位置でレイヤーを分割します。
マーカーを利用したスクリプトも多いので、上記マニュアルをご覧ください。
スクリプト(無料で利用できる)の例としては、rd: Copy Comp Markersでコンポジションのマーカーをレイヤーにコピーできます。
不要なレイヤーマーカーは、redefinery.com: rd: Remove Markers を下図の設定で使用すると、現在時間より右にあるマーカーが全て削除されます。

マーカーを1個にして、rd: Rampartを下図の設定で実行すると、マーカーの位置で不透明度が0%になります。

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