複雑なエフェクトのプリセット化について

レイヤーが2個以上の場合は、アニメーションプリセットに保存できないので、別々に保存することになります。

After Effectsは奥が深いので、例えば、
添付動画のようにシェイプを使用せず1個のレイヤーで縦に線をランダムに動かす方法は、エフェクトの組み合わせを変えてみたり、
或いは、難しくなりますがスクリプトで自動化する方法もあります。

また、After Effectsはプラグインの種類が多いので、参考動画のような効果は、ダメージ系のプラグインを使うと一つのエフェクトで再現出来るため、アニメーションプリセットに登録したり、プラグインによってはプリセット機能を搭載しているものもあります。