AEを起動する度に、「行0のスクリプトが実行できません〜〜〜」と出るのはなぜ？

多くの場合はPlug-inが関係しているので、セーフモードで開いてみるか、プラグインを個別に停止したりして挙動を確認するのがトラブルシューティングになるかと思います。

■セーフモードでの手順
https://helpx.adobe.com/jp/after-effects/using/video/preferences-video.html

Creative CloudアプリにてWindowsなら「Shift+Ctrl+Alt」を押しながら「開く」から起動する
その後ダイアログが出てくるのでセーフモードを選び、「セッション中にサードパーティーのプラグインを無効にする」にチェックを入れてOKを押す

プラグイン系であればこれで切り分けができると思うので、
起動後エラーが出なければ個別にプラグインを削除なりで確認頂く方法になります。

それ以外だと、去年の記事ですがVer25でUIが一新されたため、そのせいでスクリプト関連でエラーが起こっている可能性などもありますが、ここ暫く同様のエラーはみないため個別環境でのトラブルの可能性もあります。
この場合は一度再インストールや下位Verを使うことで回避できるかと思います。
https://community.adobe.com/t5/after-effects-beta-discussions/feature-focus-new-after-effects-spectrum-ui-amp-windows-ui-performance-improvements/td-p/14497629?profile.language=en

ちなみに私の環境(mac Sonoma)では特定のプラグインでVer24ではでず、Ver25では同様のエラーが表示されます。
多くのプラグインを入れているので確認が面倒なのと、消して使っていて問題がないのでそのまま使ってますｗ

こんばんは、green_curry さん

まず、OSとそのバージョン、After Effectsのバージョン（v24.5、v25.4.1等）を教えていただけますか。

＞これは、何が問題となっているのでしょうか？

指定ですが、何かのスクリプトがAfter Effects起動時に自動で実行されるように設定されていませんか。

その場合は環境設定をリセットしてみます。自動実行のスクリプトがの設定が解除されかも知れません。

違っていたらごめんなさい。

After Effectsを、Ctrl+Shift＋Altキー（Windows）、またはcommand＋shift＋optionキー（macOS）を押しながら起動してみます。