after effectsでキーフレームが表示されない

Premiereをほとんど使用していなかったので、「AEコンポジションで編集する」が理解できていなくてすいません。

「AEコンポジションで編集する」を試した上で思いつくこととしては、
・RAM:16GBは、PremiereとAfter Effects システム必要条件の最小仕様となるため、2つのアプリを同時に起動させた状態では、メモリは不足してくると思います。
After Effects 単独で動作させて、保存しているプロジェクトを実行してみてはどうでしょう。
プロジェクトは保存すれば、Premiereに反映されます。
なお、ディスクキャッシュは事前に消去しておいてください。

・特定のmp4ファイルだけで現象が出ているので、この動画は可変フレームレート（VFR）ではないでしょうか。
もし、可変フレームレートの場合は、HandBrakeを使って固定フレームレート（CFR）に変換してから読み込むとビデオ編集の問題が改善されることがあります。
HandBrake: Open Source Video Transcoder 

・NVIDIA GPUについては、Studio Driverをインストールされていれば問題ないと思います。

記載した対処法では改善しなかったり、新たにプロジェクトを作り直すと現象が出ないということもあるかもしれません。