premire proからafter effectsに送った動画クリップを編集したい

基本的な作業になりますが、新しく公開されたビデオトレーニングにある「After EffectsとPremiere Pro間の効率的な作業」に複数の連携方法が説明されているので参考になると思います。

アドビ アフターエフェクツ アドバンスコース 

今の仕様だとAfuterEffectsコンポジションに送ったクリップは全てが1つとなりご認識通りの挙動になります。
(AfterEffectsのコンポジション単位で表示されるため)
恐らく行いたいのは以下なのかと思うのですが現状は一方通行となっています。

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Premirer Pro→After Effectへ送った後にPremire Proで編集した内容を変更するとAfterEffectsにも反映される
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双方で共に編集内容を反映させたいというのはできないんですが、
PhotoshopとIllustratorに関してのみは元素材を変更する事ができ、変更後は読み込み先に即時反映されるという仕様です。

個人的には送った際にコンポジション単位ではなくクリップ単位を選択できるようにしてほしいのと、
質問者さんがおっしゃるようなPremirer Proでの変更も反映できるようにしてほしいと何年も思っています。

余談にはなりますが、自分の場合はAfterEffectsに送った後はほとんどPremirer Proには戻ることはないので、
Premirer Proでは送るシーケンス(クリップ)を複製してからAfterEffectsに送ってます。
そうすることで再度Premirer Proで変更がかかっても、元の編集状況は維持できるようにし、
AfterEffects側では再度くられてきた内容を編集中のコンポジションへコピーすれば大抵の場合は修正しやすいので、この方法を取っています。
(ちなみにAfterEffectsに送った際にはレイヤー順がバラバラになるので、階段状に修正できるPlug-inも併せて使っています)