WebMでのアルファ付き書き出し

WebM形式でアルファと音付きのムービーを書き出したいです。

今までは

ビデオコーデックVP8

オーディオコーデックOpus

上記の設定でアルファと音が反映できていました。

Unityに持っていくためオーディオコーデックをVorbisにする必要があり、設定したらアルファが効かなくなりました。

その後コーデックをOpusに戻してもアルファが利きません。

また、アルファがあろう場所に白いベタ塗りのジャギーが部分的に入ります。

何か解決方法をご存知の方がいらっしゃいましたら、ご回答いただけますでしょうか。

Win10Pro　Ver1809

AftereffectCC2017　Ver14.2.1.34

Mediaencoder　Ver11.1.2.35