リンク画像を配置すると、埋め込み画像としても増える

はっきりとしたことは覚えていないのですが，過去データ流用時に，例えば，CS5のドキュメントファイルをCC2018で開いてv17形式で保存し直し，そのファイルで作業すると謎の埋め込みが表示されることがありました。
１週間前から謎表示されるようになったと書かれていますが，v24.3の新規書類でも同様に表示されるのでしょうか？

配置直後の話であれば、配置時点で埋め込みにしている、というのはあると思います。

ただもし上書き保存時であれば、別名保存を行ってみてください。

古いバージョンのデータを開いて上書き保存している場合は元保存時のバージョン形式になるので、別名保存して2020形式にするしかないためです。

macOS, Illustrator のバージョンを同じにしてもそのような不具合はおこりませんでした。

アップロード、再ダウンロードの意味はアンインストール、再インストールということですね。

よく環境設定を削除しないで再インストールする方もいるのですが、アプリケーションの問題より環境設定が正しく更新されているかが大切です。

Illustrator の環境設定/一般に「環境設定をリセット」ボタンがありますから試してみてください。

埋め込みファイルにレイヤーがあったりすると複数の埋め込みになりますが、片方がリンクというのはおかしいですね。