線部分だけレイヤー順序関係なく全部見えてしまう

ajabonさんのご指摘もありますが、最終的な出力や書き出しを考えた場合、必要な要素はアートボード内に入れて作成するのが原則です。

また、裁ち落としを設定する場合は印刷用途で利用することになるわけなので、その点も踏まえた作成が必要になります。

（仕上がりギリギリに要素を入れても断裁で切れる可能性を考慮するなど）

それアートボードの境界じゃないでしょうか。消せません。

印刷や書き出し結果に出ることもありません。