透過処理をしたはずの画像が映り込む

週末をまたいでしまいすみません。

補足の形で少しだけ。

>まず画像を開き、選択とマスクで被写体のみを残しました。

>調べたところでは消した部分が黒になっていれば完全非表示とあった

「選択とマスク」の「出力先」が何になっているか、が明確でないと話が通じなくなってしまいます。

とりあえず、できあがった画像の透明部分にマウスカーソルをあててみて、カラー値が空欄のままなら画像側に問題はないと思われます。

【参考】わかりやすくしてありますが、背景が透明になりきっていない場合、ピクセル不透明度に関わらず情報パネルにはカラー値が表示される

>PDFでのお渡しとなったのですが、リンクしているとそのPSDデータも一緒に納品する必要があると聞き

PDFだけ渡す（aiは渡さない）という場合、リンク元ファイルは渡してもどうにもならないので、自分の予想では聞き間違いではないかと…

配置画像埋め込みでの運用は、場合によってはデータの総容量が重くなる原因にもなりますし、トラブル時の原因や責任の所在が非常に曖昧になってしまうため、仕事の観点からはおすすめできません。

先方からルールや要望として提示されていた場合はそれに従うほかないものの。

改善した原因は不明なままですが、当初の原因は他の方からの回答がすべて（Adobe Readerで開くよう義務化してもらう）です。

先方がどうしても従わない場合はPDFバージョンを1.3まで下げてみてください。白いスジが出る可能性がありますが透明オブジェクトは完全になくなります。