整列がおかしい　勝手にキーボードオブジェクトに変更する

既に「キーオブジェクトに整列」が設定されている場合は、キーオブジェクトの変更にoptionキーは確かに不要です。
また「選択範囲に整列」が設定されている場合でも、optionキーで任意のオブジェクトを選択することで、整列パレット上で敢えて「キーオブジェクトに整列」の切替操作を行わずとも「キーオブジェクトに整列」とキーオブジェクト指定が1アクションで同時に行えます。（optionキーを使わない場合は「パレット上で切り替え」、更に「キーオブジェクトの指定」と2アクション必要です）
しかし、その逆、つまり「キーオブジェクトに整列」が設定されている状態からキーオブジェクトをoptionキーでハイライト解除しても「選択範囲に整列」には移行できないという事です。
「選択範囲に整列」から「キーオブジェクトに整列」への移行はパレットでの切り替えの他、optionキーの併用でも行えますが、「キーオブジェクトに整列」から「選択範囲に整列」への切り替えはパレット上でなければ行えない不可逆性が問題だと思います。
v24.0では全く問題なくoptionキーの併用で双方に移行可能だったので。
不便ですが、この件はバグ報告もなされている様なので修正を期待したいところです。

こちらでは最後に使用した設定に固定されますから、仕様を変更したということでは無いと思います。

環境設定の初期化や Mac OS ならセキュリティとプライバシーに Illustrator が登録されているか確かめてみてください。