Media Encoder で書き出した圧縮音源(MP3, AAC)にノイズが乗る

私も簡単なテストをしてみましたが、症状は再現しませんでした。

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環境：Windows 10 Pro 21H1, After Effects 18.4.1, Media Encoder 15.4.1

内容：1920×1080 30.00fps 120秒 のコンポジションで平面に「CC Bubbles」をのせて、Auditionで作成した1kHz 0dBFSのFs48kHz 24bitのwavファイルを貼って、Media Encoderのプリセット「ソースの一致 - 高速ビットレート」で書き出し。もうひとつ、書き出し時のフレームレートを29.97fpsに手動で変えて書き出し。

結果：聴感上特に異常なし

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お書きいただいた内容からフルビット越えの歪みではなく音声の瞬断や僅かな欠落によるノイズの可能性を考えておりましたが、手元の環境では症状が出ず、残念ながらよくわかりません……。

これまでは問題なかったようですので、問題が起きるようになるまでの間に何か環境の変化（Adobe製品、Cubaseなどのアップデートのほか、ドライバ類のインストール・更新など）があれば、それらが原因という可能性があるかもしれません。

また、おそらく書き出したファイルの再生・ノイズの確認は複数の再生ソフトやPremiere Proでも行われていていると思いますので再生ソフトが原因である可能性は除外してよいと思うのですが、もしPremiere Proでの音差し替え時にPremiere Pro上でノイズの確認をなさっていませんでしたら、一応確認していただいたほうが良いと思います。

根本解決にはならないうえ改善される可能性も高くはないと思うのですが、原因の切り分けのためCubaseで書き出したファイルをAdobe AuditionやMedia Encoderで同じ形式（Fs48kHz 24bit）のwavに書き出しなおしてAfter Effectsのコンポジションに貼ってみることも試す価値があるかもしれません。