エクスプローラ上で更新日時が変わらなくなった

Windows側の問題かもしれませんので、エクスプローラーで「F5」を押して表示を更新していただいたり、エクスプローラー上でそのプロジェクトファイルを右クリックして「プロパティ」をご確認いただくといかがでしょうか。

また、一応念のため、「作成日」の表示に切り替わっていないかといったことや、更新＆保存したプロジェクトファイルとは異なるファイルではないかといったことなども、ご確認いただくと良いのではないかなと思います。