シークバー（青色のバー）を左右に動かすと音は出るがプツプツと出力されおかしい

そういうことですと、問題が起きる新規のプロジェクトと問題が起きない古いプロジェクトで、異なる部分（音声のサンプルレートなどなど）がどこか調べてゆくしかないように思います。

時間表示のされ方がかなり異なるので違うとは思うものの、タイムラインの時間表示が、問題の出ない古い方は「オーディオユニット時間」になっているといったようなことではないですよね。

（オーディオユニット時間で表示すると、多少滑らかな再生にはなるので……。）

音の出方の違いの原因として、そのほかの可能性としてはタイムラインの時間軸方向の縮尺やスナップインの設定（再生ヘッドがクリップの端に飛ぶので）などもあるのですが、お書きいただいている状況からはそういった原因ではなさそうなので、残念ながら今のところ解決策は思いつきません。