プロマネの制作方法について

過去に制作＆プロジェクトマネージャーで収集したか否かは関係なく、使用している素材は全て収集される仕組みなので、たしかに正常な状態ではないと思います。

>Bの使用素材の一部はAと共通です。この一部の素材がリンク切れになってました。

「この一部の素材」には、原因の究明につながりそうな共通点や特徴はありませんでしょうか。

例えば、ファイルサイズの小さな静止画ファイルはあるけれども、ファイルサイズの大きな動画だけ抜けているといったことや、特定の種類（拡張子）のものだけ抜けている、といったような特徴はありませんでしょうか。

そして、プロジェクトマネージャーで収集している先方からは、なにか申し送りなどはきていないでしょうか。

あくまでも私の場合ですが、プロジェクトファイルと素材一式をやり取りする際には、収集したファイルのうち以前すでに渡しているものは、双方合意の下で意図的に抜いてファイルを送ることはよくあります。

これは、使用している有料のクラウドストレージの容量やアップロード・ダウンロードの時間を節約するためです（作品によっては数GB～数十GB重複することもあるので……。）。

問題の解決のためには、実際に収集をしている先方の協力も必要になってくると思います。

こういった場合は、過不足なくファイルを送るところまでは「先方の責任」になると思いますので、先方にて収集後に正しくファイルが収集されていることを確認したうえで送ってもらうように依頼することも、必要になってくるのではないかと個人的には思います（消極的かもしれませんが、仕事上のトラブルからの自衛という面でも……）。