動画をカットした時のクリックノイズについて

動画の必要部分をカットしてまとめる作業をしている時に、カットした所で音声がプツップツッと鳴る所謂クリックノイズ？というものが、出る時と出ない時があります。

エフェクトの自動クリックノイズ除去で多少は軽減されるものの、殆ど変わらないこともあり、これをどうにか無くせないかと思っています。

また同じ動画の数秒しか違わぬ箇所でもノイズが入る時と入らない時があるのですが、これらの違いは何なのでしょうか？

音量の差が大きいところ同時を繋げるとノイズが入ると言われていますが、そんなに違いがないように見えるところでも鳴る時は鳴っている気がします。。

例えば、以下の画像の音の切れ目は、左２つはプツッと鳴りますが、一番右の切れ目では鳴りませんでした。

　　　↑　　　　　　　↑　左２つはプツッと鳴る

エフェクトをかける以前に、クリックノイズが何らかの原因で発生しているとしたら、鳴らないようにする方法は何かないでしょうか？