映像の元の音声と違う音声になる

ファイル名の変更で解決なさったようですので、今回はそのまま作業を進めていただくのが一番だと思いますが、念のため補足いたします。

AVCHDは記録メディアを交換するたびに連番がリセットされますので、たくさんの素材を扱うときはおっしゃる通りファイルの重複が生じます（特に若い番号はたくさん重複しますね）。これはAVCHDの仕様ですので仕方がないのですが、AVCHDというフォーマットの仕組み上は、フォルダ構造を変更したり.mtsファイルの名称を変更することは厳禁です（あくまで、AVCHDのフォーマットを守るという面からみた場合です）。

.mtsファイルの名称を変更するなどしてAVCHDの構造が崩れてしまいますと、Premiere Proの正しい方法（メディアブラウザーにてAVCHDディレクトリビューア（目のアイコン）がAVCHDとして認識されている状態）でのAVCHD素材の読み込みができなくなってしまいます。

（異なるご質問への回答ですが、こちらのリンク先の画像をご参照くださいSTREAM(MTSファイル）の重複読み込み ）

もちろん、.mtsファイル単体でも概ね問題なく読み込むことはできるのですが、長時間収録した素材（複数のファイルに分割されたもの）で問題が出たり、カメラ録画時のタイムコードが反映されないなどの問題が発生するようです。

AVCHD素材を扱う際に異なるフォルダに同じ名称のファイルがあっても、Premiere Proは問題なく動作します。今回は、偶発的に（キャッシュ作成中に何らかの事情で強制終了されたなどなど）キャッシュファイルのリンク情報がおかしくなってしまったのではないかと思います。

とはいえ、AVCHDなどフォーマットの制約が無い場合には、150kwさんがおっしゃる通りファイル名の重複は避けたほうが間違いなく良いと思います。

こんにちは

＞アセット名を変更することで問題を回避できたため、・・・

お役に立てて良かったです。

ファイル（アセット）名を重複させないことが、トラブルを引き起こさないためにも、基本的なことだと思っています。ご励行ください。