書き出したムービーのタイムコードが変わる

全く参考にならない内容で恐縮ですが、私自身も過去に同様の経験をしたことがございました。

その時のバージョンなどは正確に覚えていないのですが、Windows 10の環境で時期的に22.xで、ProResのMOV書き出しだったように記憶しております。

その時は急いでいたのでそのファイルは削除して（不備のあるファイルを残すのは事故の元なので……）、新たに書き出し直して事なきを得ていました。シーケンスの中はそのままで、もしかすると「書き出し設定」はプリセット（過去のバージョンで作成したもの）を使わず手動で作り直していたかもしれません。

今回の現象は「のせる素材によって結果が変わる」という不思議な現象なので、私の経験とは全く異なるように思うので役に立たない情報になってしまうとは思うのですが、例えば「書き出し設定」にてメタデータの書き出しオプションを「最小必須要件」にしてお試しいただくと変化はございませんでしょうか。

あとは、月並みですが「おかしいなと思ったら」の内容をお試しいただいたり、プロジェクトファイルの破損を疑って新規プロジェクト内の新しいシーケンスに、問題のシーケンスを読み込み（もしくは内容をコピペ）していただいたりといったことや、気軽にはお勧めしにくいもののPremiere Proのアップデートといったことが、対処法として考えられるのではないかなと思います。

おかしいなと思ったら（Mac OS 版 Premiere Pro CC） 

なお、まったく改善が見られず「原因の追究」という意味で深く調べる場合には、「タイムコードが０スタートで記録されている」のか、「タイムコードが記録されていないので0スタートになっている」のか、確認することも原因の切り分けに役立つと思います。

ご回答ありがとうございます。

メタデータの項目は基本いじらずでして、今初めて見てみたのですが、

書き出しオプションは「サイドカーファイルの作成」となっており、「オフ」にはなっていないようです。