編集後の動画素材とファイルとの同期

既に解決されているので余談です。

編集を始める前にプロジェクトファイルや素材は「特定のフォルダの中に全て保存する」ことで編集後の移動なども楽に行なえます。

自分の場合は「yyyymmdd-編集名」というフォルダを作成し、下記のような感じで編集素材等をまとめることで管理をしております。

プロジェクトマネージャーは散らばっているファイルを集める際に便利なのですが1階層に全て収集されるので個人的に管理がしにくいので事前に自分でフォルダ分けを行っている感じです。
yyyymmdd-編集名

└project

└asset

   └pic

   └movie

メディアの再リンクを行うことについてすでに回答が付いていますので、後半の部分のみ返信してみます。

>また、編集後の動画の元素材の削除や保存位置を変更してもプロジェクト内の編集している素材に影響を与えない設定などはありますか？

残念ながら、そのような設定はございません。現状でも数世代前のバージョンに比べますと、ファイルの位置が変わった際の自動再リンクはだいぶ強化されていまして、少し場所が変わった程度ですと、自動的に再リンクがかかるようになっています。

やむを得ない事情で素材ファイルを移動（整理）する場合は、基本的にはPremiere Proを閉じた状態で（開いていても、移動の度にリンクをかけ直せばよいのですが……）でファイルを移動していただき、ご希望通りに移動（整理）し終えた後にPremiere Proを立ち上げて、再リンクしていただくというのが無難ではないかなと、個人的には思います。

ちなみに、編集データをまとめて別の場所に保管（または他者に渡す）といった場合には「プロジェクトマネージャー」を使う方法もあるのですが、私個人的には、編集開始前にその作品用のフォルダを一つ作ってその中にプロジェクトファイルを保存し、動画や音声、静止画素材も、そのフォルダ内で管理＆受け渡しする方がトラブルが少ないのではないかなと思っています。

win11でバージョンは最新です