複製した物を片方だけ修正したい

ネストの中にさらにネストがある構造なのですね。

そういった場合、他にもっと良い方法があるかもしれないのですが、完成品を作成する「本編集」のプロジェクトファイルと、seq1の中身のフッテージを置き換える作業を行う「やりくり用」のプロジェクトの二つに分けて作業するとうまくできたように思います（きちんと検証していないので自信は無いです。）

まず、「本編集」と「やりくり」用のプロジェクトファイルを両方開いておき、「やりくり用」の中でseq1の内容をフッテージの置き換えをしてご希望の画像に差し替えて完成させます。

そして、出来上がったseq1を「やりくり」プロジェクトのプロジェクトウィンドウにて「コピー」し、「本編集」用プロジェクトのプロジェクトウィンドウに「ペースト」して、名前をわかりやすく変えたのち（seq1-01など）、本編集のタイムラインに貼り付けます。

次に再び「やりくり用」に戻り、seq1の内容を次に使いたい素材に張り替えます。出来上がったら先ほどと同様にコピーして、「本編集」用プロジェクトにペーストして名前を変えたのち（seq1-02など）、本編集のタイムラインに貼り付けます。

おそらく、この手順で行いますと、本編集用に最初に貼り付けたseq1-01の内容は書き換わらないのではないかと思います。

ネストの中のネストシーケンスの名称は同じになってしまうなど、プロジェクト内の管理が煩雑になってしまうのですが、今私が思いつく方法の中ではこの方法が無難なように思います。

もっと良い方法があるかもしれないので、こういった操作にお詳しい方から返信が付くことを願っております……。