読み込んだ動画がプレビュー/書き出し共にカクつく&色がおかしい

問題の素材は「HLG」だったようですので、意図せずカメラ設定が変わっていた可能性がありそうですね。

そうなりますと、HLGの設定以外に、フレームサイズやフレームレートなども変わっている可能性もありそうです。

>書き出した動画のカクつき

とのことですので、負荷が高くてコマ落ち（カクつき）が発生しているのではなく、撮影素材のフレームレートが低い（たとえば24fpsなど）可能性がありそうです。

念のため、MediaInfoやPremiere Proでフレームレートをご確認いただくといかがでしょうか。

余裕がありましたら、MediaInfoで「問題ない素材」と「問題がある素材」を比較していただき、HLGやフレームレートの他にも何か違いが無いかご確認いただければと思います。

また、「カクつき」が動画の乱れ（映像が崩れるような感じ）を伴う場合には、コーデックに起因する不具合が発生している可能性もあります。

その場合、同じアドビ製品のMedia Encoderで変換しても同じ問題が生じるので、ハードウェアデコーダーの設定を変えてみたり、もしくは他社製の動画変換ソフト（フリーソフトのShutter EncoderやHandBrakeなど）で変換してみるのも一つの方法かと思います。

ただし、今回HLG素材なので、他社製のソフトで変換する際には、変換の時点で白飛びや諧調の欠落が発生しないか注意する必要があると思います。