gpu使用率の急激な低下

同様の現象に心当たりは無いものの、カット編集で繋いでいるのみ（=エフェクトの問題では無い）で真っ黒な画面が出力されるのは、結構大きな問題のように思います。

素材のコーデックも気になるところではございますが、まずは原因の切り分けのため、プロジェクト設定を「ソフトウェア処理」にしたうえで、Media Encodertにキューを送らずPremiere Proから直接書き出して頂くことと、「環境設定」の「メディア」の下部にあるハードウェアエンコード・デコード関連のチェックを外して再起動してから書き出す方法（書き出しはソフトウェアエンコードになります）をお試しいただくといかがでしょうか。

書き出しの際に「リサイズ」が伴っているので、エフェクトなどを使用していなくても現状ではGPUでの処理が行われていると考えられ、またハードウェアエンコードをお使いなので、NVIDIAもしくはIntelのGPUエンコードが用いられているかと思いますので、GPU絡みか否かの切り分けができるかと思います。

また、もし直近でNVIDIAのドライバーを入れ替えていたり、もしくは逆にNVIDIAのドライバが古いままであったりGameReadyドライバーが入っている場合には、前者の場合には少し前のバージョンのStudio（土）ラーバー、後者の場合は最新のStudioドライバーに変えてみるといったことも試す価値があるかもしれません。