結果のご返信ありがとうございます。
タイムライン上のクリップに斜線が出ている場合、クリップの時間情報が正しく扱われていないような気がいたします。私はそのような経験が無いので推測になってしまいますが、MacとWindowsでタイムコードが異なるといったことが考えられるかと思います。具体的には、Windows上ではタイムコードが正しく読めるけれども、Macではどのクリップも0からスタートしてしまうといった状態です。
その状態を再現できないので推測の上の推測になってしまいますが、Macから受け取りタイムライン上で斜線になってしまっているクリップをダブルクリックしてソースモニターに表示させ(映像は表示されないと思いますが……)、そのタイムコード値をWindowsで正しく再生できている同じクリップのタイムコード値と比較してみると、異なる値になっているかもしれません。また、ソースモニターで前後の時間を確認すると、まったく異なる時間のところで映像が表示されるかもしれません。
しかしながら、「映像が乱れる」という現象も併せて考えますと、Mac版とWindows版の間で、何かしら不具合が発生している可能性も捨てきれないと思います(仮に、先ほど書いたタイムコードの不具合が原因だったとしても、不具合といえると思います)。
まったく別の原因としては、同じ名称のファイルが別のフォルダに複数存在する場合に、誤ったファイルにリンクしてしまった場合にも、そのような現象が出ることがあります。この場合でしたら、正しいクリップに再リンクさせれば解決するので、一応書いてはみたものの、今回のケースには当てはまらないと思います。
推測だらけで改善策が思いつかず申し訳ないのですが、大至急解決する必要がある場合には、「メディアマネージャー」で「統合とトランスコード」をしてもらってから受け取ると、うまくゆく可能性が高いように思います。
同じワークフローで継続するお仕事でしたら、問題が発生するデジカメの59.94fps素材だけ、Macでの編集前にAVC-Intra系やGoProCineFormなどメジャーなコーデックにトランスコードしてから編集するという方法も、検証する価値はあると思います。