Media Encoder が、PremireProから使用するのとAfterEffectsから使用するので使用CPU率が変わる

Media Encoderには関係ありませんが、After Effectsのレンダリングは、マルチプロセッシングで有効になるスレッドが少ないため、Render Garden / BG Renderer MAX / AERenderなどサードパーティのスクリプトやプラグインを使って、マルチコアの使用率を上げてレンダリングする方法も利用されています。

Media EncoderにCPU使用率を設定するような項目は無いと思います。

After EffectsとPremiere Proはそれぞれのレンダリングエンジンの仕組みが異なると思いますので、CPU負荷が同じにならないこと自体は特に不思議なことでは無いように思います。

After EffectsからMedia Encoderにキューを送ってレンダリング＆エンコードしますと、After Effectsのプロセスが立ち上がってレンダリング処理を行い、Media Encoderのプロセスでエンコードを行う仕組みのようです。

メモリなどそのほかの要因も影響すると思いますが、タスクマネージャーを観察しているとAfter Effectsのレンダリングがボトルネックになっているように見えます。

AfterEffectsはコンポジットソフトなので、エフェクトや合成を一切施していない書き出しを高速化するということあまり考慮されていないと思いますので、そういった状況で効率よくCPUを使用する設計ではないのかもしれません（あくまで、私個人の想像です）。

余談ですが、RGBではなくいわゆるYUV(YPbPr)と呼ばれる色空間を使用した素材の場合、たとえ素材が8bit/channel(24bit)カラーであったとしましても、AfterEffectsにて8bpcや16bpcに設定されていると信号の欠落が起きますので、それを防ぐためには32bpcを選ぶ必要があります。

そういったことも踏まえまして、単純なカット編集やファイル変換については、After Effectsは向いていないと思います。