MP4動画読み込みのとき冒頭3秒の途切れが発生

複数のファイルのうち1本だけとのことですので、おそらく単純な再生ソフトでは影響の出ない軽微な不具合が生じているMP4ファイル（もしくはそれだけエンコーダーが異なり、アドビ製品と相性の悪いパラメーターでエンコードされているなど）といった可能性があるように思います。

もしコンプリートプランでご契約なさってましたら、Adobe Auditionで音だけ完全に読むことができないかご確認いただくのもひとつの方法かと思います。

その他には、フリーソフトのHandBrake（https://handbrake.fr/ ）など、ファイル変換ソフトで変換してから読み込む方法で回避できる可能性があるように思います。

少しとっつきにくいソフトかと思うのですが、とりあえずはプリセットを「production standard」、フレームレートは「Same as」、CFRにチェックを入れた状態で書き出して頂くと良いのではないかと思います。

HandBrake以外でも、Shutter Encoderやその他の動画変換ソフトでも回避できる可能性がございますので、もし普段もしくは以前お使いになられたものがございましたら、まずはそれらを使用していただくのも良いのではないかと思います。