MP4形式の動画を読み込むとフレームが1で読み込まれます。

「MP4」はコンテナ、例えるならば「器」のようなものでして、中身である映像・音声コーデックの種類やそのパラメーターの組み合わせは無限と言ってよいくらいに存在します。そのため、ソフトによってうまく読み込めないということがあるのは、ある程度仕方がない面があります。

1フレームしか読み込めないファイルができてしまうキャプチャーソフト（あるいは機器）の説明書などをご参照いただき、編集ソフト向けのキャプチャー設定などが書かれていないかご確認いただくといかがでしょうか。

Premiere Pro12.0.1からはVFR(可変フレームレート)にも対応していますが、音声と映像の同期が大事なものでしたらCFRが無難かと思います。

また、すでにキャプチャーしたファイルを使用しなければならない場合には、何らかのファイル変換ソフトにてPremiereで読み込むことができるファイルにする方法もあるかと思います。