PremiereProで画面の中の人物だけが徐々に消えて行く動画を作るにはどうすればよいのですか。

画面内の人物同士が交差する場合は、難易度が高くなります。私が似たような撮影をした際は、グリーンバックを現場に持ち込みました。

カメラは三脚固定、人物は動くけれども交差することがない、ということでしたら、人物のマスク切りを厳密にしなくてもうまくゆくことが多いので（人物の間隔が広ければ、楕円で囲むだけでよいこともありますし）、比較的容易にできるかと思います。その場合の撮影のコツとしましては、たいしたことではありませんが

1. 全ての人物が入った状態で、撮影開始（フォーカス・露出はマニュアルで調整し、撮影中は動かさない。）
2. 演技が終了後、カメラは止めずに役者さん全員に速やかにはけてもらい、空舞台を必要な長さぶん撮影する。
3. 室内など床面が板や畳というような場所では、スタッフが動いて床が歪むことによるずれも生じるので、録画中は動かないことを徹底させる。役者の動きでも床が揺れるような場合は、多少演出面を犠牲にしてカメラを離して望遠ぎみで撮ることも検討する。

というところでしょうか。カメラを止めないのは、カメラのボタンに触れることによって僅かに位置がずれることを防ぐためです。リモコン操作であれば止めても良いと思いますが、あまり時間を空けずに空舞台を撮った方が何かと安心です。

合成の作業は、他の皆様のご返信にもありますようにAfter Effectsの方がやりやすいと思います。消したい人物を囲むマスクを使って空舞台を重ねてフェードインさせたり、逆に空舞台に対して人物を切り抜いたレイヤーを重ねておきそれをフェードアウトさせるなどします。