PremierePro CC2018での音声不具合

私もだいぶ以前のことですが、AVCHD素材の音声が別クリップのものになってしまったことがありました（同名のファイルものだったかは、当時確認していませんでした）。そのときは、.cfaファイルを削除してなおりました。大量の素材を読み込んでいたのですが、おそらく、全部のキャッシュが作成される前にPremiere Proを終了させたのが原因かな？と、考えておりました。

異なるディレクトリに同名のファイルが存在することは、AVCHD素材を扱う上で避けて通れませんので、使い方としては問題ではないと思います。

私は別の事情（オーディオデコードレベルの問題）でAVCHD素材の編集にはCC 2017を使っておりますため、CC 2018での挙動はよく分からないのですが、最新版のCC 2018 (12.1.2)で少し検証した限りでは同名のファイルがあっても問題なくオーディオキャッシュが作成されました（同名のファイルがある場合、2個目以降はアンダーバーと数字が付加されるようです）。

完全な推測ですが、もしかすると、キャッシュを「メディアファイルの隣に保存」しない設定ですと、何らかのきっかけで同名のファイルにより不具合が発生するのかもしれません。

既存のメディアキャッシュ（.cfaと、一応.pek）を削除したうえで、キャッシュをメディアファイルの隣に保存する設定でお試しいただくと、改善の可能性があるかもしれません。