そのPDFはIllustratorの編集機能を保持した状態で保存されたものではありませんか? Acrobatの編集機能はIllustratorの編集機能の部分まで編集できません。そのようなPDFのをAcrobatで編集するとPDFの部分の編集だけが行われてIllustratorのデータ部分は以前の状態で保持されるためにPDFとIllustrator編集機能部分でデータの状態が変わるということがおきます。 そういった事を回避するためにもIllustratorから書き出したPDFはAcrobatで編集するのではなくIllustratorに戻って訂正するようにしましょう。
やってしまったものをなんとかしたいのであれば、Acrobatで開いて全部選択して右クリックから編集に利用するツール→Illustratorと進んで全体をIllustratorで開いたうえで別名保存します。ただし、PDFを開くということは様々な制約をうけることになるので、できればAcrobatで処理した手順をIllustratorでやり直すほうが無難です。
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