同psdファイル内のイラストの差分を使って動画制作したいけど連動してしまいます...

解釈が間違っていたらすみません、「背景、人物、小物でレイヤー分け」をすべてPhotoshopで作成されて読み込んでおり、PSDレイヤーに個別に動作を付けたいということであればAeへの読み込み時に

・「レイヤーを結合」ではなく「レイヤーを選択」で個々に読み込み

・「コンポジション」にて「編集可能なレイヤースタイル」で読み込み

にする必要があります、そうしない場合、1つのPSDはレイヤーではなく1つの画像として読み込まれます。

あと初心者ということなので、もしかしたら「コンポジションを開けることを知らない」などもあるかと思います。

「コンポジション」として読み込んだPSDは1つのタイムラインのように梱包されて読み見込まれるので、

下記画像のアイコンのレイヤーはダブルクリックして中身を表示することが出来ます。

上記の内容ではない場合には、なぜご希望の動作ができないのかの情報がまだ足りなく、代替画像でもいいので「こういう風にうごかしたいのだがこういう状態になる」というのを客観的にわかる何かを作っていただくとわかりやすいかと思います。

連動が起きる原因は、プロジェクトの内容を見ないと判断できないのでスクリーンショット（個人情報は削除して）をアップしてもらえると適切な回答が得られると思います。

例えば、新規コンポジションにプロジェクトパネルから使用するレイヤーごとにドラッグしてタイムラインに配置させてみてはどうでしょう。

スクリーンショットの撮影は、
Windows：アプリ「Snipping Tool」
Mac：ショートカットキーShift + Command +3または4
Mac 画面収録（動画）：Shift + Command +5

追記です。

カメラワークも同様、変更すると全てに連動してしまうためあわせて教えていただけますと幸いです。