貼っていただいたリンク先をご覧いただいててましたら、私が補足する余地はあまり無さそうです……。
このような変換では、NTSC由来の0.1%の差を解消するために、速度を変えてもよいか否かが重要なポイントになります。
生中継などリアルタイムでの変換では速度は変えられませんので、定期的にスキップさせる(もしくはある程度バッファを持たせて動きの少なーシーンでスキップさせる(HDが60Hzだった時代に59.94HzのSDサイマル放送でとられていた方法))しかないのですが、ファイルベースでの変換でしたら速度を変えるのが手っ取り早いと思います。
24.00fpsの映画を3:2プルダウンで59.94iに変換する際、0.1%速度を落として23.976fpsとして扱うのと同じ要領です。
つまり、25.00fpsの素材を0.1%速度を落とした24.975fpsとして扱い、59.94iにフレームサンプリングで変換すると、カデンツは乱れず変換できるのではないかなと思います。
(私自身では検証しておりません……。)
ちなみに、
>25pを60iに(フレームレートの項目を29.97ではなく30に)すると結果はより良いものとなると考えてもよいでしょうか。
>また、そうしても最終的に59.94iのファイルにするのであれば、結果的にカデンツは乱れてしまいますでしょうか。
と、お書きいただいたように、25.00fps(25.00p)から30.00fps(60.00i)に変換していただいてもカデンツは乱れないと思います。
問題は、30.00fps (60.00i)を29.97fps (59.94i)に変換する方法で、この変換が0.1%速度ダウンであればカデンツが維持されたままですが、速度(再生時間)を変更せず変換を行うと1000フレームごとに1フレームスキップされると思いますので、その時点でカデンツが乱れると思います。
(フレームサンプリングで「速度を変えずにフレームレートを0.1%落とす」、という動作は、0.1%速度ダウンしてフレームを並べ、時間が伸びてしまった分を定期的に(1000フレームごとに)フレームを間引くことでつじつまを合わせるという見方もできます。)