Media Encoderでmp4をハードウェアエンコーディングで書き出した際のQuickTime Playerでのコマ送りのノイズ

こういったケースでは、おっしゃる通り「ソフトウェアエンコーディング」で当面の間はしのぐのがベターかと思います。

Mac側のM1 Ultraに搭載されたハードウェアエンコーダーによるエンコードで問題が生じるようになったか、あるいはQuickTime Player側で（ハードウェアエンコードされた素材の）デコードで問題が生じるようになったのかは、判断しにくい状況かと思います。

今回の症状とは異なりますが、こちらの例（ 書き出し後、動画に乱れ - Adobe Community - 14290440  ）のようにOSアップデートで問題が生じることは、残念ながら珍しいことではございません。

今回のケースも、Apple・アドビのどちらか（もしくは両方？）で対策がとられるまで、様子見になるのではないかなと思います。

もしハードウェアエンコーディングをどうしても使いたい状況で、設定等で回避できないか探るとするならば、症状的にGOPの差分フレームのデコードに失敗しているといった可能性を考えて、キーフレームの間隔を変えてみる（フレームレートと同じ、もしくはフレームレートの半分の数値にする）といったことは試す価値があるかもしれないのですが、私個人的には「ソフトウェアエンコーディング」の方が無難だと思います。