Acrobatのプリフライト→色の置き換え　で一部だけ同一色が違う濃度のグレースケールに分解？されてしまう現象の対処法

いつもお世話になっています。Community Expertのaisanです。
専門分野外で困っていることが発生しているため、有識者のお力を借りたく投稿させていただきました。
場合によってInDesignやPhotoshopのフォーラムへの移動が必要であればぜひご指摘ください。

使用環境や状況などは画像に記載いたしました。

経緯：AcrobatでカラーのPDFを、プリフライトを使い、色の置き換えでDotGain20％のグレースケールに一括変換しました。

おおむね問題はなかったのですが、数か所同じ色のはずの部分が違う濃度のグレースケールに分解？変換？されている箇所がありました（画像参照）

PDFはInDesignでカラーのPDFを制作し、AcrobatでカラーPDFを開いたときは画像の通り同じ色は同じ色として表示されています。

状況：事象が起こっている箇所は、InDesignでPSDをリンクファイルした箇所です。PSD上でカラーの数値に違いはなく、同じカラーを使っている箇所の8割は正常に書き出されています。
関係があるかわかりませんが、InDesign上で文字を入力している箇所の後ろのカラーにこういった事象が4割くらいの確率で発生しているように思います。

望むこと：Acrobatでプリフライト時に、同じ色は同じ濃度で、画像のように違う色に分解されることなく書き出したい。最悪Acrobat上で手作業でひとつひとつ修正していくのも覚悟。その場合の修正方法手順などを知りたい。

発表前の業務情報のためPDFファイルを直接ここに公開することはできないのですが、必要であれば内内のルートで共有することは可能です。
不足している情報や私の基礎的な認識不足であればぜひご指摘ください。
どうぞよろしくお願いいたします。