Acrobat PDFMaker Office COM Addinを使用してPDFファイルを作成するとハイパーリンクが反映されない

PCを新しいものに変更したんですかね。

私の経験ですが、古いPCではVBAの処理が遅くて、アプリケーションの処理が終わったあとに次の命令を実行するんですが、PCを新しくして能力が上がるとVBAの処理が早くなって、それにアプリケーション側の処理が追い付かない状況になります。つまり表示し終わらないうちに出力命令がかかって、表示が中途半端な状態で出力されてしまうという。

専門家ではないので本当の原因はわからないですが、私の場合はそのように見えていました。ですからVBA中にsleep（だっけ？）などの待機処理や、何か状況の確認（この状態であれば出力可能になっている、というトリガー）をする処理を挟んで対応しました。

このあたりはやはりVBAの専門家の方が正しい対処方法を知っていると思いますので、MicrosoftやVBAの質問ができる場所で問い合わせたほうがよろしいかと思います。（私も本当は問い合わせなければいけない立場なんですが、一時しのぎで何とかなったものですから、どこに問い合わせたらいいのかは調べてません）

Optimistic_difference4439 様

Office 2016時代のAccess VBAをそのままOffice 365で動かした場合、正しく動作しているか疑問です。

書き出されたPDFはリンク以前にテキストが飛んでいるように見えます。バッテンの他に「エラー」を表示していませんか？
白で見えにくいため背景に色を付けて、実行の際はデバッグかステータスが見られる状態で確認されてはどうでしょう？

Excel単体では正しく表示・PDFにできる以上、PDFの設定ではなくVBAの問題だと思われます。

Officeが32bitから64bitになったりすると参照するDLLが間違っていたり原因は様々なので、ここでははっきりとした解決は望めないかもしれません。
Microsoftの方で質問されることもご検討ください。