PDFからXMLファイルへの変換後、jpgデータが綺麗に反映されない

元々PDF上でも細分化されている画像、ということはないでしょうか。

PDF生成時にデータ状態や出力設定などによってそのような状態になっている場合、PDF上で認識している画像ごとに細分化されての書き出しになるためです。

見たまま、というわけではなく、データ構造としての状態から来ているものなので、これはある意味、どうにもできないところです。

PDFの作り方にも影響するので、そちらを見直す方法がないわけでもありませんが、元アプリケーションににもよっても左右されるところです。

今回の場合は元がExcelということなので、目的次第では、そのExcelからXML生成を行ったほうがいいかもしれません。

※ちなみに「プリンターから取り込んだPDF」は実質的に１ページ１枚の画像ファイルになることがほとんどなので、そのまま１枚の画像で生成されるからだと思います。