PDF書き出しで従順基準なしでも良いのでしょうか？

PDF規格そのものは非常に幅が広く規定されています。例えば動画を埋め込んだり他のファイルを添付したり、自動処理させる機能（JavaScript）を含んだり。PDFポートフォリオという複数のPDFをまとめたものもあります。

ただ、あまりにも幅が広いので、特定の用途に絞ってさらに細かく規定したものがPDF/AやPDF/Xという規格内規格です。

その規格内規格に沿っていなくてもPDFとしては流通するので、「規格内規格のないPDF」となります。世の中のPDFのほとんどがこの「規格内規格のないPDF」ですから、自身で作成して自身が使用する分にはそれでまったく問題はありません。

しかしながら、法的に有効なPDF（例えば署名が必要だったり、財務資料として長期保存を求められるのであればPDF/A、など）を作成する必要があるなら、「規格内規格のないPDF」では無効になります。

PDF/Xも印刷用途として、「この仕様を守ってください」という規格になります。その仕様の一つに「パスワードを掛けてはいけない」というのがありますが、パスワードがかかっているPDFでは印刷会社で適切に開くことができないおそれがあるからです。

ですからパスワードを掛けたままではPDF/Xの規格にはなりえませんが、機密情報が含まれている場合にパスワードを掛ける必要がありますね。ですから使い分けが大事ということです。