Web版BoxとAdobe Acrobat等でのPDFの表示・非表示

対象のファイルを見てみない事には
なんとも言えないのですが

『可能性が高そう』な事と言うと…
AppendModeの影響か？と思うんですね。

この注釈？を追加した人の環境依存で

AppendModeのPDFになっているん『じゃないか』な？と
思います。

AppendModeって
注釈コメントって基本的にはPDFの各ページの要素として書き込まれるんですが
AppendModeは元のページの要素はそのままで
追加や追記される部分だけを別途追加していく方法で

macOSやiOSでは一般的に使われていますし　PDFの規格的には増分保存になるのかな？たぶん

で
もしもAppendModeが原因でその表示になっているなら
PDFプリンタを使ってPDFを再生成する
PDFドキュメントを統合Flat処理をする
WEBに最適化で別名保存する　で解決されると『思われます』
お試しください

根本解決にはならないけど
対象の部分を追記した方が『どうやって』追記したのか？をヒアリングして

その環境によって発生するなら
現時点では、
対象の追記をした方に別な方法（別のアプリ）を提案するしかないかも？しれません。
ヒアリングしてみないと、何とも言えないとおもいますが…

参考まで