消しゴムをかけた部分にゴミが残る

ピクセルブラシで描画した部分を消しゴムツールで削除したあと、

「透明度を保持」をオフにした状態の塗りつぶしツールを使用すると削除部分も塗りつぶされてしまい、また消しゴムで消す…を繰り返す状態になってしまいます。

選択ツールで消したい部分を囲む→消去の手順を踏むと、完全に消すことができるようですが、

消しゴムツールのみで綺麗に消せるようにするにはどうしたらいいか、

解決法ご存知の方いらっしゃいますでしょうか…。

添付は黒の領域のはみ出した部分を消しゴムで消した状態で、

フォトショップのレイヤー効果「境界線」をかけ、ゴミがないか確認したものです。

目視では見えないのですが、境界線をつけると境界線が白く表示されており、

見えないゴミがある状態のようでした。