異なる親ページを適用していたページが、全ページ同じ親ページに変わってしまう現象

ご返答いただいたみなさま、ありがとうございます。
回答が遅くなってしまい、誠に申し訳ございませんでした。

表題の件ですが、
Omachi様の仰る通り、ファイル自体に問題があることが予想されます。
該当のファイルは過去バージョンから引き継いだ物で、「上書き保存」をして作成しておりましたが
ご教示いただいた方法で今一度作成し直してみます。

こちらの案件は複数人で作業をしていたため、どのタイミングで発生したのかがはっきりと特定出来ておりません。
また、発生当時サーバーの不具合なども重なったこともありますので（関係あるかどうか不明ですが…）
これ以上の原因の特定が難しいと判断し、こちらの投稿はここで締めさせていただければと存じます。

ちなみに、こちらへ投稿後は同じような現象は起きていません。

お力を貸してくださったみなさまには、誠に感謝申し上げます。
お一人ずつご返信出来ず、申し訳ございませんでした。

「親ページが全て同じ親ページに変わってしまった」という現象の内容について、もうちょっと情報をいただいた方がいいように思います。
ある親ページの内容が変わった、ということはわかるのですが、「同じ親ページ」とは、何と同じなのでしょうか。
また、「変わった」というのは、配置されている画像の内容が変わったのでしょうか。
それとも、他のInDesign由来のオブジェクト（罫線とか）も変わってしまったのでしょうか。
ページの内容はIllustratorファイルをリンク、ということですが、InDesignはIllustratorファイルをまとめることだけに使っていて、InDesignではテキスト等を操作していない、ということなのでしょうか。

これは私の推測に過ぎないのですが、もしかしてインデックスなどの装飾にIllustratorファイルを配置していて、インデックスが変わるごとに別のIllustratorファイルを配置している、その配置しているIllustrator画像がある時別の親ページのものに入れ替わってしまった、ということなのではないでしょうか？
もしそうだとしたら、原因はいくつか考えられます。

いかがでしょうか。

> ここ1か月ほどで2回、同様の現象が起こりました。
> 変わってしまった親ページについては、1回目と2回目で異なります（1回目はZ、2回目はO）

これは同じファイルということでしょうか、それとも別のファイルで発生したということでしょうか。

同じファイルであればファイル自体の破損が考えられますので、

・一旦IDMLで保存して、IDMLファイルを開いてから通常のドキュメント形式で保存

・新規ファイルを作成して、空のページおよび親ページを作成し、そこにオブジェクトをコピー＆ペースト

のどちらかで作り直すことを視野に入れてください。

私もそのような現象は聞いたことがないです。

もしそれがバグだったらかなり重篤なので聞き及んでいるはずです。

スクリプト等の自動処理を利用したのでしたら、まずはその処理でそのような結果になったのではと疑います。

わたしも見聞きしたことないです。

検索しても何も引っかからないですし（英語検索難しい…）。

ブック機能は使ってないですよね？

自身に経験がなく、何も言えないのですが、他の方からの回答もないようなので、お茶にごしに…

どこかに手掛かりがあれば。

詳細は手順について少しだけ詳しく教えてください。

・inddを開く

・リンクが変更されているダイアログが出る（ここで更新ボタン？）

・上書き保存して閉じる（ここまでは正常だったことは間違いないのでしょうか）

・再度inddを開くと、適用元の親ページが別のものになっている

・以上の認識で合っているでしょうか？

・このドキュメントは現環境で新規作成したものでしょうか。過去バージョンから引き継いだ物だったりはしますか？

・配置するaiは見開き単位でしょうか？