ラウドネスを入れると約10%程度の確率で音欠けが発生する

かなり厳密にご検証なさっているようなので、おそらくお書きいただいた組み合わせ（書き出し時のラウドネス調整とMedia Encoderによる書き出し）でのバグなのではないかと思います。

少々まどろこしく感じられるかと思うのですが、こちらの日本語版フォーラムは、主にユーザー同士でのコミュニケーションの場という意味合いが強く、残念ながらAdobeの開発者にバグの報告や要望などが伝わる仕組みにはなっていないようです。

バグ報告に関しては、こちらの英語版フォーラムの方が窓口のようです。

How do I write a bug report? (https://community.adobe.com/) 

ちなみにこれは完全に余談ですが、私はMedia Encoder経由の書き出しはあまり信用しておらず、きちんとしっかり統計をとったわけではありませんが、トラブルの確立がPremiere Proからの直接書き出しよりも多い印象を持っております。そのため、Premiere Proからの直接書き出しをするようにしています。

また、稀ではありますが、Premiere Proのシーケンス上ではきちんと再生できるのに、書き出すと音が欠落するということも経験しております。複数のサードパーティ（wavesやizotopeなど）プラグインを使っているのが原因だったのかもしれませんが、原因を特定できるほどの頻度では発生していないので推測の域は出ません

それプラス、私の仕事の場合最終書き出し時に1kHz -20dBFSの信号を入れるのでまとめてラウドネス調整できないので、Premiere Pro上で整音・MIXまでする場合は、ある程度ターゲットラウドネスに近いレベルでミックス作業を済ませ、厳密な数値に合わせて納品する必要がある場合には、一旦本編部分のみインアウトを打ってラウドネス調整を入れてWAVファイルに書き出しています。

そのWAVをタイムラインに貼って、最後にProResなりXDCAMなりに書き出ししております。

それはそれで、現行バージョンでは開始TCによってはWAV書き出しのたびにシーケンスのTCがずれるという厄介なバグやPremiere Proから直接XDCAMディスク（PD）に書き出せない不具合もあるのでストレスが無いといえば嘘になってしまいますが、ユーザーとしてできる限りの対策をしているといったところでございます。