水平から角度30°の位置から撮影した物体を60°視点を移動させることで物体を垂直から見たいと考えています。Photoshopの機能で可能でしょうか？

試料に垂直を外すと、手前から奥まではピントが合わないのですが、撮影機材の方で深度合成等されているのでしょうか。

Photoshopの方で一応可能ではありますが、「視点移動」はできませんので、台形補正（画像変形）をどの機能を使って行うか、またプリセットとして変形を保存でき、全画像で同じ変形処理をかけられるかどうか、で選ぶとCamera Rawフィルターかな、と思います。

3Dとして60度回すこともできますが、非常に手間がかかりますし、自由変形等で台形を補正することもできますが……どちらにしても試料の周りにスケールが必要ですね。

ところで、鉛直設置での複写・撮影では「カメラレンズに光源の光が直接当たらないようにする」のが鉄則ですが、顕微鏡撮影でしょうか。クリアランスはどれくらいとれますか。モルトプレーン等で遮光できそうな様子なら試してみるといいかもしれません。