シャッタースピードの違うふたつの動画について

もう少し正確な情報があった方が解決につながる情報が得られやすくなると思います。

まず、「シャッタースピード」がことなるとのことですが、「フレームレート」の設定ではございませんでしょうか。

同じフレームレートでしたら、1/100のシャッタースピードで撮影した素材と、1/60のシャッタースピードで撮影した素材の間で問題が起きることは基本的にはございません。

（光源のフリッカーや、わずかながら動きの滑らかさの変化、学術的な用途などの場合に問題になることはあり得ます。）

また、

>カットして繋げるときおかしくなってしまいました

「おかしくなってしまった」とのことですが、どのようにおかしくなってしまったのかもお書き添えいただきますと、コミュニティ参加者の方々に状況がより正確に伝わると思います。

こちらのリンク先もご参照いただきつつ、カメラの設定と現在のシーケンスの設定を、可能でしたらスクリーンショットを交えてお教えいただけると、解決につながりやすくなると思います。

【質問テンプレート】コピペして使ってください☺︎ - Adobe Community - 11369772  

追記

ここに書いて良いのか分かりましせんが追記させてください、シーケンスごとにズレが生じるものの、生じないシーケンスもあります。