プロジェクトマネージャーでまとめたファイルの音声が一部消えてしまう

「よくある問題」ですと、症状から原因が容易に導き出せることもあるのですが、今回のようなケースは「よくあること」ではないので、もう少し詳しく状況を確認する必要があるかと思います。

基本的な情報の記載については、こちらのリンク先が参考になると思います。

【質問テンプレート】コピペして使ってください☺︎ - Adobe Community - 11369772  

今回のようなケースでは、問題が生じている（音が消えてしまっている）部分に何か共通点がないかどうか（例えば、「AVCHDで収録した素材の後半部分が全滅している」、といったようなことなど）ですとか、プロジェクトマネージャー実行時もしくはプロジェクトを開いた時に些細なものでも警告やエラーメッセージが出ていないかどうか、そしてクリップは消えていないけれども素材の使い所やタイミングがずれているクリップは無いか、といったことなども、原因究明の手掛かりになるかもしれません。