透化GIFアニメを読み込むには

Windows10, Premiere Pro CC 2017.1.2の環境では、透過GIFアニメを問題なく読むことができました。

OSとPremiere Proはどのバージョンをお使いでしょうか？

【追記】

うっかり書いている途中に投稿してしまいましたので続きです。

上記の環境での動作となりますが、試しにABCの文字が順に表示されるGIFアニメーションをつくり、タイムラインに乗せた様子の画像です。

もしかすると、お使いのGIFが実は透過では無いという可能性もゼロでは無いと思いましたので、上の画像で使用したGIFも添付してみます。

ちなみに、透過GIFアニメーションは輪郭があまり綺麗に抜けないことが多いので、ビデオ素材用に新たにCGなど作成なさっているのでしたら、別のフォーマット（PNGやTIFFの連番など）を選択なさった方が綺麗に合成できるかもしれません（GIFアニメを作成するソフトによります）。