Mac OS11.0.1へのアップデートによるXDローカルファイル消失

OSのアップデートでローカルマシンに保存していたXDドキュメントが消えてしまったということですね。

XDの機能から考えるとプロトタイプとしてURLで公開しているデータはXDドキュメントのデータがすべて入っているわけではないので、そのデータがあってもXDドキュメントとしての復元はできません。
※開発用に共有であれば指定していたアセットをダウンロードできることもありますがSVGになってしまいます

残念ながら、アップデート前にバックアップ（MacですとTimemachineなど）を取っていないと消えてしまったXDドキュメントの取り出し以外取り戻す術はないと思います。