２つのPDFファイルを1枚に重ね合わせる

radeon様の言われている「透かし」や「背景」として配置する方法の他に、「画像を配置」機能を使っても簡単にできますね。

「デザイン化されたノンブル」を作成するソフトは何でしょうか？
Acrobatを使ってノンブルをPDF化→画像化します。ノンブルファイルの用紙サイズが大き過ぎる場合はトリミングツールで適当な大きさにしてから画像に書き出します。
ドキュメント上で右クリック、「画像を配置」でノンブルとなる画像を配置します。

ノンブルの位置決めには、「グリッドにスナップ」機能を使えば各ページとも同じ位置に簡単に配置できるでしょう。
レイアウトグリッドの線間の設定は「環境設定/単位とガイド」でカスタマイズ可能です。

なお、配置する画像の対応ファイル形式はBMP、GIF、JPEG、JPEG2000、PCX、PNG、TIFFで、レイヤー無しで追加されるようです。この機能がバージョン9では「レイヤーとして取り込み」として進化したのかもしれません。

Acrobatでのレイヤー対応は6.0以降のはずですが、作成機能ではなく表示という感じでしょうか。7.1.0のヘルプでも「Acrobat ではレイヤーを作成することはできません」とあります。

InDesignやIllustratoといったツールならレイヤー付きPDFを作成できるみたいですね。

> ノンブルのないページにデザイン化されたノンブルを付加するなど
[透かしと背景の追加]で背景として設定することで、似たことが可能になりませんか？
ただ、この手法だとファイル容量が増える傾向にありますが。
一旦PostScriptファイルとして保存し、Distillerで再PDF化すればファイル容量は軽減されるでしょう。

以下はAcrobat 9向けですが、「PDFファイルからレイヤーを作成」という説明項目があります。
プリフライト以下に「PDFレイヤーを作成」というカテゴリーがあるようです。知らなかった！

Adobe - Acrobat 9 tutorial : レイヤーを使った作業
http://www.adobe.com/jp/designcenter/acrobat/articles/lrvid4082_a9.html

Acrobat 9のヘルプには「レイヤーの取り込み」という項がありますね。
ナビゲーションパネルのレイヤー以下にあるオプションメニュー [レイヤーとして取り込み]から出来るようで。

Acrobat 9 Pro * レイヤー
http://help.adobe.com/ja_JP/Acrobat/9.0/Professional/WS26911E4D-D64D-434a-8811-9CB5C577BAB2.html
「PDF または画像ファイルから対象の PDF にレイヤーを取り込むことができます。サポートされている画像ファイル形式は、BMP、GIF、JPEG、JPEG2000、PCX、PNG、TIFF です。」